La Asamblea General extraordinaria cada dos años ( a excepción de los propios estatutos) elige a la Junta Directiva de la APA . Se puede dar el caso de la reelección de la misma junta, cosa permitida. Lo que es obligatorio, en caso de dimisión del presidente o dimisión del 50% de la junta, es convocar elecciones.

Para dar estabilidad a la APA es muy importante que la Junta Directiva trabaje en equipo, asuma su responsabilidad como órgano y sus miembros, con independencia de los cargos trabajan todos por igual y desarrollen, además, la función específica del cargo. Así la presidencia deberá convocar las reuniones, coordinar el grupo, ejecuta los acuerdos y firma las solicitudes de subvenciones y ordena el pago. Le apoya la vicepresidencia que lo podrá sustituir de una manera provisional. El secretario será el encargado de los documentos y colaborará estrechamente con la presidencia y el tesorero se hace responsable de las cuentas de la asociación. Los vocales que se encargan de diferentes áreas específicas en comisiones, son los que deciden las acciones que toma y ejecuta la APA.

La Junta Directiva debe elevar, a la asamblea de socios, los acuerdos que afecten al interés general de la comunidad educativa. Formará parte del Consejo Escolar del centro y participará en los procesos electorales proponiendo los candidatos representantes de los padres y madres. También hará seguimiento de la gestión del centro y del consejo escolar y se lo comunicará a los socios para que estén al día de la situación del centro.

Asímismo es misión de la Junta Directiva llevar a debate y acuerdo, los temas que afectan y preocupan a padres y madres sobre el centro o sobre el sistema educativo para tomar acuerdo y elevarlo al pleno del consejo escolar y si fuera de interés local, llevarlo al Consell Escolar Municipal.