L’Assemblea General extraordinaria cada dos anys ( a excepció d’allò establert als respectius estatuts) tria la Junta Directiva de l’AMPA . Es pot donar el cas de la reelecció de la mateixa junta, cosa permesa. El que caldria en cas de dimissió del president o dimissió del 50% de la junta, és convocar eleccions.
Per donar estabilitat a l’AMPA és molt important que la Junta Directiva treballe en equip, assuma la seua responsabilitat com a òrgan i els seus membres, amb independència dels càrrecs, treballen tots per igual i desenvolupen la funció específica. Així la presidència haurà de convocar les reunions, coordinar el grup, executar els acords i firmar les sol·licituds de subvencions i ordenar el pagament. La recolza la vicepresidència que el podrà substituir. El secretari és l’encarregat dels documents i col·labora estretament amb la presidència i el tresorer es fa responsable dels comptes de l’associació. Els vocals que s’encarreguen de diferents àrees específiques en comissions de treball -tipus d´organització que es recomana per una AMPA participativa-. Els vocals són, en definitiva, els que decideixen les accions que pren i executa l’AMPA.
La Junta Directiva deu elevar, a l´assemblea de l’AMPA, els acords que afecte a l’interés general de la comunitat educativa. Formarà part del Consell Escolar del centre i participarà en els procesos electorals proposant els candidats. També farà seguiment de la gestió del centre i del consell escolar i li ho comunicarà als socis perquè estiguen al dia de tot allò que passa al centre.
Així és missió de la Junta Directiva portar a debat i acord, els temes que afecten, preocupen i ocupen del centre o del sistema educatiu per a prendre acord i portar-lo al ple del consell escolar.
Molt important és estar en contacte amb pares i mares per informar-los sobre els plans i les activitats a realitzar així com anunciar, mitjançant una carta, un cartell o qualsevol altre mitjà de comunicació, el lloc i l’horari d’atenció de la Junta Directiva de l’AMPA.
Com a representat de l´AMPA, la Junta Directiva assistirà a la Federació Provincial i a totes les activitats i reunions diverses a les que siga convocada, comptant sempre amb l´aval dels socis.
Tant la Junta Directiva com els pares i mares associats han de formar-se i informar-se per a una participació efectiva en la comunitat educativa.